研究者詳細 - 種田　晃人

写真b

タネダ　アキト

種田　晃人

TANEDA AKITO

所属

理工学研究科研究部

学位

博士（工学）

研究キーワード

Optimization problem
Nano materials
Metal cluster
Genome information analysis
Computer simulation
Bioinformatics
ゲノム情報解析
ナノマテリアル
バイオインフォマティクス
最適化問題
計算機シミュレーション
金属クラスター

研究分野

自然科学一般 / 数理物理、物性基礎
情報通信 / 生命、健康、医療情報学

所属学協会

情報処理学会
日本RNA学会
日本バイオインフォマティクス学会
日本金属学会
日本RNA学会
日本バイオインフォマティクス学会
日本金属学会

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自己ＰＲ

（連携キーワード)

計算機、シミュレーション、核酸、遷移金属、アルゴリズム

（研究概要）

○DNA配列に現れる不完全な反復配列の検出とその繰り返し構造を解析するための手法の開発。
○第一原理計算に基づくタイトバインディングパラメーターの開発。
○タイトバインディング分子動力学法による遷移金属クラスターの安定構造と電子状態。

（協力できる内容）

文字列処理やシミュレーション用計算機プログラムのアルゴリズム

（ＰＲ）

生体分子（主に核酸）や遷移金属を対象として、シミュレーションやプログラミングによる問題解決（文字列処理、最適化問題など）を専門としています。

論文

Changes in relative expression levels of viroid-specific small RNAs and microRNAs in tomato plants infected with severe and mild symptom-inducing isolates of Potato spindle tuber viroid

Daiki Tsushima,Charith Raj Adkar-Purushothama,Akito Taneda,Teruo Sano

Journal of General Plant Pathology 81 49 - 62 2014年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）共著区分：共著
Deep sequencing uncovers commonality in small RNA profiles between transgene-induced and naturally occurring RNA silencing of chalcone synthase-A gene in petunia.

Megumi Kasai, Hideo Matsumura, Kentaro Yoshida, Ryohei Terauchi, Akito Taneda, Akira Kanazawa

BMC genomics 14 63 - 63 2013年01月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）共著区分：共著
Multi-objective genetic algorithm for pseudoknotted RNA sequence design.

Akito Taneda

Frontiers in genetics 3 36 - 36 2012年04月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）共著区分：単著
Coincident sequence-specific RNA degradation of linked transgenes in the plant genome（共著）

Megumi Kasai, Maiko Koseki, Kazunori Goto, Chikara Masuta, Shiho Ishii, Roger P. Hellens, Akito Taneda & Akira Kanazawa

Plant Molecular Biology 78 ( 3 ) 259 - 273 2012年02月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）共著区分：共著
Accumulation of Potato spindle tuber viroid-specific small RNAs is accompanied by

Ying Wang, Makoto Shibuya, Akito Taneda, Tasuku Kurauchi, Mineo Senda, Robert A. Owens, Teruo Sano

Virology 413 72 - 83 2011年02月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）共著区分：共著
A web server for multi-objective pairwise RNA sequence alignment with an index for selecting accurate alignments

A. Taneda

IPSJ Transactions on Bioinformatics 4 2 - 8 2011年01月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）共著区分：単著
MODENA: a multi-objective RNA inverse folding

A. Taneda

Advances and Applications in Bioinformatics and Chemistry 4 1 - 12 2010年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）共著区分：単著
Multi-objective pairwise RNA sequence alignment

A. Taneda

Bioinformatics 26 2383 - 2390 2010年08月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）共著区分：単著
Characterization of a new apple dimple fruit viroid variant that causes yellow dimple fruit formation in ‘Fuji’ apple trees

Y.-H. He，S. Isono，Y. Kawaguchi-Ito，A Taneda，K. Kondo，A. Iijima，K. Tanaka，T. Sano

Journal of General Plant Pathology 76 324 - 330 2010年08月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）共著区分：共著
A small nucleolar RNA functions in rRNA processing in Caenorhabditis elegans

Y. Hokii，Y. Sasano，M. Sato，H. Sakamoto，K. Sakata，R. Shingai，A. Taneda，S. Oka，H. Himeno，A. Muto，T. Fujiwara，C. Ushida

Nucleic Acids Research 38 5909 - 5918 2010年05月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）共著区分：共著
Endogenous short interfering RNAs of chalcone synthase genes associated with inhibition of seed coat pigmentation in soybean

T. Kurauchi，T. Matsumoto，A. Taneda，T. Sano，M. Senda

Breeding Science 59 419 - 426 2009年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）共著区分：共著
An efficient genetic algorithm for structural RNA pairwise alignment and its application to non-coding RNA discovery in yeast

Akito Taneda

BMC Bioinformatics 9 521 2008年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）共著区分：単著
Pariwise genome comparison for finding functional RNAs with low sequence identity

A. Taneda

The Proceedings of the 2007 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics 2007年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（その他学術会議資料等）共著区分：単著
RNA Base Pairing Probability Alignment by Genetic Algorithm

A. Taneda

17h International Conference on Genome Informatics (GIW 2006) Poster and Software Demonstrations 2006年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（その他学術会議資料等）共著区分：単著
Twelve novel C. elegans RNA candidates isolated by two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis

Y Hokii, A Kubo, T Ogasawara, Y Nogi, A Taneda, R Arai, A Muto, C Ushida

Gene 2006年01月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）共著区分：共著
Prediction of Pseudoknotted RNA Structure by a Structural Alignment Using Genetic Algorithm

A. Taneda

16th International Conference on Genome Informatics (GIW 2005) Poster and Software Demonstrations 2005年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（その他学術会議資料等）共著区分：単著
Cofolga: a genetic algorithm for finding the common folding of two RNAs

A. Taneda

Computational Biology and Chemistry 2005年04月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）共著区分：単著
A genetic algorithm approach for finding the common structure of two homologous RNAs

A. Taneda

15th International Conference on Genome Informatics (GIW2004) Poster and Software Demonstrations 2004年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（その他学術会議資料等）共著区分：単著
Adplot: detection and visualization of repetitive patterns in complete genomes

A. Taneda

Bioinformatics 2004年03月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）共著区分：単著

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受賞

日本遺伝学会第84回大会　Best Paper賞

2013年01月

担当授業科目（学内）

2024年度，コンピュータ基礎，専門教育科目（学部）
2024年度，卒業研究，専門教育科目（学部）
2024年度，生体生命情報学，専門教育科目（学部）
2024年度，科学技術英語，専門教育科目（学部）
2024年度，電子情報工学実験Ⅰ，専門教育科目（学部）
2024年度，電子情報工学最先端，専門教育科目（学部）
2024年度，電子情報工学概論，専門教育科目（学部）
2024年度，電子情報工学演習Ａ，専門教育科目（学部）
2024年度，電子情報工学演習Ｂ，専門教育科目（学部）
2024年度，基礎ゼミナール，教養教育科目
2022年度，コンピュータ基礎，専門教育科目（学部）
2022年度，電子情報工学最先端，専門教育科目（学部）
2018年度，コンピュータ基礎，専門教育科目（学部）
2018年度，生体生命情報学，専門教育科目（学部）
2018年度，科学技術英語，専門教育科目（学部）
2018年度，電子情報工学実験Ⅰ，専門教育科目（学部）
2018年度，電子情報工学最先端，専門教育科目（学部）
2018年度，電子情報工学演習A，専門教育科目（学部）
2018年度，電子情報工学演習B，専門教育科目（学部）
2018年度，電子情報工学特別講義，修士課程・博士前期課程
2016年度，卒業研究，専門教育科目（学部）
2016年度，電子情報工学実験Ⅲ，専門教育科目（学部）
2015年度，電磁気学Ⅰ，専門教育科目（学部）
2014年度，情報Ⅰ，21世紀教育科目
2014年度，コンピューティング，専門教育科目（学部）
2014年度，プログラミング応用Ⅱ，専門教育科目（学部）
2014年度，卒業研究，専門教育科目（学部）
2014年度，情報工学最先端Ｂ，専門教育科目（学部）
2014年度，電子情報工学全体講義，専門教育科目（学部）
2014年度，電子情報工学大系，専門教育科目（学部）
2014年度，電子情報工学実験Ⅰ，専門教育科目（学部）
2014年度，電子情報工学演習Ａ，専門教育科目（学部）
2014年度，電子情報工学演習Ｂ，専門教育科目（学部）
2013年度，基礎ゼミナール，21世紀教育科目
2013年度，情報Ⅰ，21世紀教育科目
2013年度，コンピューティング，専門教育科目（学部）
2013年度，プログラミング応用Ⅱ，専門教育科目（学部）
2013年度，卒業研究，専門教育科目（学部）
2013年度，情報工学最先端Ｂ，専門教育科目（学部）
2013年度，電子情報工学全体講義，専門教育科目（学部）
2013年度，電子情報工学大系，専門教育科目（学部）
2013年度，電子情報工学実験Ⅰ，専門教育科目（学部）
2013年度，電子情報工学演習Ａ，専門教育科目（学部）
2013年度，電子情報工学演習Ｂ，専門教育科目（学部）
2013年度，電子情報工学英語演習，専門教育科目（学部）
2013年度，電磁気学Ⅰ，専門教育科目（学部）
2012年度，情報Ⅰ，21世紀教育科目
2012年度，コンピューティング，専門教育科目（学部）
2012年度，プログラミング応用Ⅱ，専門教育科目（学部）
2012年度，人工知能，専門教育科目（学部）
2012年度，卒業研究，専門教育科目（学部）
2012年度，情報工学最先端Ｂ，専門教育科目（学部）
2012年度，電子情報工学全体講義，専門教育科目（学部）
2012年度，電子情報工学大系，専門教育科目（学部）
2012年度，電子情報工学実験Ⅱ，専門教育科目（学部）
2012年度，電子情報工学演習Ａ，専門教育科目（学部）
2012年度，電子情報工学演習Ｂ，専門教育科目（学部）
2012年度，電子情報工学英語演習，専門教育科目（学部）
2012年度，電磁気学Ⅰ，専門教育科目（学部）
2012年度，電子情報工学特別講義，修士課程・博士前期課程
2011年度，コンピューティング，専門教育科目（学部）
2011年度，プログラミング応用Ⅱ，専門教育科目（学部）
2011年度，人工知能，専門教育科目（学部）
2011年度，卒業研究，専門教育科目（学部）
2011年度，電子情報工学大系，専門教育科目（学部）
2011年度，電子情報工学実験Ⅰ，専門教育科目（学部）
2011年度，電子情報工学実験Ⅱ，専門教育科目（学部）
2011年度，電子情報工学実験Ⅲ，専門教育科目（学部）
2011年度，電子情報工学実験Ⅳ，専門教育科目（学部）
2011年度，電子情報工学研修Ⅰ，専門教育科目（学部）
2011年度，電子情報工学研修Ⅱ，専門教育科目（学部）
2011年度，電磁気学Ⅰ，専門教育科目（学部）
2011年度，ソフトコンピューティング特論，修士課程・博士前期課程
2009年度，情報と職業，専門教育科目（学部）
2009年度，数物演習，専門教育科目（学部）
2009年度，電子回路演習，専門教育科目（学部）
2009年度，電子情報システム工学研修I，専門教育科目（学部）
2009年度，電子情報システム工学研修II，専門教育科目（学部）
2009年度，電子情報工学大系，専門教育科目（学部）
2009年度，電子情報工学実験II，専門教育科目（学部）
2009年度，ソフトコンピューティング特論，修士課程・博士前期課程

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