Idiopathic pulmonary fibrosis-specific Bayesian network integrating extracellular vesicle proteome and clinical information.

Tomoto M, Mineharu Y, Sato N, Tamada Y, Nogami-Itoh M, Kuroda M, Adachi J, Takeda Y, Mizuguchi K, Kumanogoh A, Natsume-Kitatani Y, Okuno Y

Scientific reports   14 ( 1 )   1315   2024年01月

Choroid plexus enlargement in mild cognitive impairment on MRI: a large cohort study.

Umemura Y, Watanabe K, Kasai S, Ide S, Ishimoto Y, Sasaki M, Nagaya H, Tatsuo S, Mikami T, Tamada Y, Tomiyama M, Kakeda S

European radiology   2024年01月

Altered structural hippocampal intra-networks in a general elderly Japanese population with mild cognitive impairment.

Kasai S, Watanabe K, Umemura Y, Ishimoto Y, Sasaki M, Nagaya H, Tatsuo S, Mikami T, Tamada Y, Ide S, Tomiyama M, Matsuzaka M, Kakeda S

Scientific reports   13 ( 1 )   13330   2023年08月

Individual health-disease phase diagrams for disease prevention based on machine learning.

Nakamura K, Uchino E, Sato N, Araki A, Terayama K, Kojima R, Murashita K, Itoh K, Mikami T, Tamada Y, Okuno Y

Journal of biomedical informatics   144   104448 - 104448   2023年08月

Inhibition of the bone morphogenetic protein pathway suppresses tumor growth through downregulation of epidermal growth factor receptor in MEK/ERK-dependent colorectal cancer.

Shimizu S, Kondo J, Onuma K, Coppo R, Ota K, Kamada M, Harada Y, Tanaka Y, Nakazawa MA, Tamada Y, Okuno Y, Kawada K, Obama K, Coffey RJ, Fujiwara Y, Inoue M

Cancer science   114 ( 9 )   3636 - 3648   2023年06月

Definition of a Dietary Pattern Expressing the Intake of Vegetables and Fruits and Its Association with Intestinal Microbiota.

Yamauchi T, Koyama N, Hirai A, Suganuma H, Suzuki S, Murashita K, Mikami T, Tamada Y, Sato N, Imoto S, Itoh K, Nakaji S

Nutrients   15 ( 9 )   2023年04月

Multiomics and artificial intelligence enabled peripheral blood-based prediction of amnestic mild cognitive impairment.

Tatara Y, Yamazaki H, Katsuoka F, Chiba M, Saigusa D, Kasai S, Nakamura T, Inoue J, Aoki Y, Shoji M, Motoike IN, Tamada Y, Hashizume K, Shoji M, Kinoshita K, Murashita K, Nakaji S, Yamamoto M, Itoh K

Current research in translational medicine   71 ( 1 )   103367 - 103367   2023年01月

Effect of gut microbial composition and diversity on major inhaled allergen sensitization and onset of allergic rhinitis.

Yamaguchi T, Nomura A, Matsubara A, Hisada T, Tamada Y, Mikami T, Ishida M

Allergology international   72 ( 1 )   135 - 142   2023年

富岳を用いた遺伝子ネットワーク解析によるAIターゲット予測

玉田 嘉紀

日本薬理学会年会要旨集   97 ( 0 )   1-B-S04-1   2023年

Association of Gut Microbial Genera with Heart Rate Variability in the General Japanese Population: The Iwaki Cross-Sectional Research Study.

Tsubokawa M, Nishimura M, Mikami T, Ishida M, Hisada T, Tamada Y

Metabolites   12 ( 8 )   2022年08月

Correlation between Glycation-Related Biomarkers and Quality of Life in the General Japanese Population: The Iwaki Cross-Sectional Research Study.

Tsubokawa M, Nishimura M, Murashita K, Iwane T, Tamada Y

International journal of environmental research and public health   19 ( 15 )   2022年07月

Factors Associated with Reduced Heart Rate Variability in the General Japanese Population: The Iwaki Cross-Sectional Research Study.

Tsubokawa M, Nishimura M, Tamada Y, Nakaji S

Healthcare (Basel, Switzerland)   10 ( 5 )   2022年04月

CBNplot: Bayesian network plots for enrichment analysis.

Sato N, Tamada Y, Yu G, Okuno Y

Bioinformatics (Oxford, England)   38 ( 10 )   2959 - 2960   2022年03月

Two Blautia Species Associated with Visceral Fat Accumulation: A One-Year Longitudinal Study.

Ozato N, Yamaguchi T, Mori K, Katashima M, Kumagai M, Murashita K, Katsuragi Y, Tamada Y, Kakuta M, Imoto S, Ihara K, Nakaji S

Biology   11 ( 2 )   2022年02月

Novel cancer subtyping method based on patient-specific gene regulatory network.

Nakazawa MA, Tamada Y, Tanaka Y, Ikeguchi M, Higashihara K, Okuno Y

Scientific reports   11 ( 1 )   23653 - 23653   2021年12月

Dynamic changes in gene-to-gene regulatory networks in response to SARS-CoV-2 infection.

Tanaka Y, Higashihara K, Nakazawa MA, Yamashita F, Tamada Y, Okuno Y

Scientific reports   11 ( 1 )   11241 - 11241   2021年05月

Classification of glomerular pathological findings using deep learning and nephrologist-AI collective intelligence approach.

Uchino E, Suzuki K, Sato N, Kojima R, Tamada Y, Hiragi S, Yokoi H, Yugami N, Minamiguchi S, Haga H, Yanagita M, Okuno Y

International journal of medical informatics   141   104231 - 104231   2020年09月

Variant analysis of prostate cancer in Japanese patients and a new attempt to predict related biological pathways.

Kasajima R, Yamaguchi R, Shimizu E, Tamada Y, Niida A, Tremmel G, Kishida T, Aoki I, Imoto S, Miyano S, Uemura H, Miyagi Y

Oncology reports   43 ( 3 )   943 - 952   2020年03月

System-Based Differential Gene Network Analysis for Characterizing a Sample-Specific Subnetwork.

Tanaka Y, Tamada Y, Ikeguchi M, Yamashita F, Okuno Y

Biomolecules   10 ( 2 )   2020年02月

Memory efficient parallel algorithm for optimal DAG structure search using direct communication

Yoshinori Tamada

Journal of Parallel and Distributed Computing   119   27 - 35   2018年

Oncogenic roles of TOPK and MELK, and effective growth suppression by small molecular inhibitors in kidney cancer cells.

Kato T, Inoue H, Imoto S, Tamada Y, Miyamoto T, Matsuo Y, Nakamura Y, Park JH

Oncotarget   7 ( 14 )   17652 - 64   2016年04月

The hnRNP-Htt axis regulates necrotic cell death induced by transcriptional repression through impaired RNA splicing

Y. Mao, T. Tamura, Y. Yuki, D. Abe, Y. Tamada, S. Imoto, H. Tanaka, H. Homma, K. Tagawa, S. Miyano, H. Okazawa

CELL DEATH & DISEASE   7   e2207   2016年04月

Efficient parallel algorithm for optimal DAG structure search on parallel computer with torus network

Honda, H., Tamada, Y., Suda, R.

Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics)   10048 LNCS   2016年

Elevated β-catenin pathway as a novel target for patients with resistance to EGF receptor targeting drugs.

Nakata A, Yoshida R, Yamaguchi R, Yamauchi M, Tamada Y, Fujita A, Shimamura T, Imoto S, Higuchi T, Nomura M, Kimura T, Nokihara H, Higashiyama M, Kondoh K, Nishihara H, Tojo A, Yano S, Miyano S, Gotoh N

Scientific reports   5 ( 1 )   13076   2015年08月

Lung adenocarcinoma subtypes definable by lung development-related miRNA expression profiles in association with clinicopathologic features.

Arima C, Kajino T, Tamada Y, Imoto S, Shimada Y, Nakatochi M, Suzuki M, Isomura H, Yatabe Y, Yamaguchi T, Yanagisawa K, Miyano S, Takahashi T

Carcinogenesis   35 ( 10 )   2224 - 2231   2014年06月

Vasohibin-1 is identified as a master-regulator of endothelial cell apoptosis using gene network analysis.

Affara M, Sanders D, Araki H, Tamada Y, Dunmore BJ, Humphreys S, Imoto S, Savoie C, Miyano S, Kuhara S, Jeffries D, Print C, Charnock-Jones DS

BMC genomics   14 ( 1 )   23 - 23   2013年

Cell cycle gene networks are associated with melanoma prognosis.

Wang L, Hurley DG, Watkins W, Araki H, Tamada Y, Muthukaruppan A, Ranjard L, Derkac E, Imoto S, Miyano S, Crampin EJ, Print CG

PloS one   7 ( 4 )   e34247   2012年04月

Computational gene network analysis reveals TNF-induced angiogenesis.

Ogami K, Yamaguchi R, Imoto S, Tamada Y, Araki H, Print C, Miyano S

BMC systems biology   6 ( Suppl 2 )   S12   2012年

Gene network inference and visualization tools for biologists: application to new human transcriptome datasets.

Hurley D, Araki H, Tamada Y, Dunmore B, Sanders D, Humphreys S, Affara M, Imoto S, Yasuda K, Tomiyasu Y, Tashiro K, Savoie C, Cho V, Smith S, Kuhara S, Miyano S, Charnock-Jones DS, Crampin EJ, Print CG

Nucleic acids research   40 ( 6 )   2377 - 2398   2011年11月

Estimating genome-wide gene networks using nonparametric Bayesian network models on massively parallel computers.

Tamada Y, Imoto S, Araki H, Nagasaki M, Print C, Charnock-Jones DS, Miyano S

IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics   8 ( 3 )   683 - 697   2011年05月

SiGN-SSM: open source parallel software for estimating gene networks with state space models.

Tamada Y, Yamaguchi R, Imoto S, Hirose O, Yoshida R, Nagasaki M, Miyano S

Bioinformatics (Oxford, England)   27 ( 8 )   1172 - 3   2011年

Searching optimal Bayesian network structure on constraint search space: Super-structure approach

Imoto, S., Kojima, K., Perrier, E., Tamada, Y., Miyano, S.

Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics)   6797 LNAI   2011年

Parallel algorithm for learning optimal bayesian network structure

Tamada, Y., Imoto, S., Miyano, S.

Journal of Machine Learning Research   12   2011年

Collocation-based sparse estimation for constructing dynamic gene networks.

Shimamura T, Imoto S, Nagasaki M, Yamauchi M, Yamaguchi R, Fujita A, Tamada Y, Gotoh N, Miyano S

Genome informatics. International Conference on Genome Informatics   24   164 - 78   2010年

Analysis of PPARalpha-dependent and PPARalpha-independent transcript regulation following fenofibrate treatment of human endothelial cells.

Araki H, Tamada Y, Imoto S, Dunmore B, Sanders D, Humphrey S, Nagasaki M, Doi A, Nakanishi Y, Yasuda K, Tomiyasu Y, Tashiro K, Print C, Charnock-Jones DS, Kuhara S, Miyano S

Angiogenesis   12 ( 3 )   221 - 229   2009年04月

Gene networks viewed through two models

Miyano, S., Yamaguchi, R., Tamada, Y., Nagasaki, M., Imoto, S.

Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics)   5462 LNBI   2009年

Unraveling dynamic activities of autocrine pathways that control drug-response transcriptome networks.

Yoshinori Tamada, Hiromitsu Araki, Seiya Imoto, Masao Nagasaki, Atsushi Doi, Yukiko Nakanishi, Yuki Tomiyasu, Kaori Yasuda, Ben Dunmore, Deborah Sanders, Sally Humphreys, Cristin Print, D Stephen Charnock-Jones, Kousuke Tashiro, Satoru Kuhara, Satoru Miyano

Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing   251 - 63   2009年

A novel strategy to search conserved transcription factor binding sites among coexpressing genes in human.

Hatanaka Y, Nagasaki M, Yamaguchi R, Obayashi T, Numata K, Fujita A, Shimamura T, Tamada Y, Imoto S, Kinoshita K, Nakai K, Miyano S

Genome informatics. International Conference on Genome Informatics   20   212 - 21   2008年

Analysis of gene networks for drug target discovery and validation.

Imoto S, Tamada Y, Savoie CJ, Miyano S

Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)   360   33 - 56   2007年

Understanding endothelial cell apoptosis: what can the transcriptome, glycome and proteome reveal?

Affara M, Dunmore B, Savoie C, Imoto S, Tamada Y, Araki H, Charnock-Jones DS, Miyano S, Print C

Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences   362 ( 1484 )   1469 - 87   2007年

グラフマイニングとその統計的モデリングへの応用

鷲尾 隆, 樋口 知之, 井元 清哉, 玉田 嘉紀, 佐藤 健, 元田 浩

統計数理 = Proceedings of the Institute of Statistical Mathematics   54 ( 2 )   315 - 331   2006年12月

異種ゲノムデータの統合による遺伝子ネットワーク推定手法 (特集 予測と発見)

玉田 嘉紀, 井元 清哉, 宮野 悟

統計数理   54 ( 2 )   333 - 356   2006年

Genomic data assimilation for estimating hybrid functional Petri net from time-course gene expression data.

Nagasaki M, Yamaguchi R, Yoshida R, Imoto S, Doi A, Tamada Y, Matsuno H, Miyano S, Higuchi T

Genome informatics. International Conference on Genome Informatics   17 ( 1 )   46 - 61   2006年

From closed tree mining towards closed DAG mining

Alexandre Termier, Yoshinori Tamada, Seiya Imoto, Takashi Washio, Tomoyuki Higuchi

Proc. International Workshop on Data Mining and Statstical Science   1 - 7   2006年

Computational strategy for discovering druggable gene networks from genome-wide RNA expression profiles.

Seiya Imoto, Yoshinori Tamada, Hiromitsu Araki, Kaori Yasuda, Cristin G Print, Stephen D Charnock-Jones, Deborah Sanders, Christopher J Savoie, Kousuke Tashiro, Satoru Kuhara, Satoru Miyano

Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing   559 - 71   2006年

Utilizing evolutionary information and gene expression data for estimating gene networks with bayesian network models.

Tamada Y, Bannai H, Imoto S, Katayama T, Kanehisa M, Miyano S

Journal of bioinformatics and computational biology   3 ( 6 )   1295 - 1313   2005年

Identifying drug active pathways from gene networks estimated by gene expression data.

Tamada Y, Imoto S, Tashiro K, Kuhara S, Miyano S

Genome informatics. International Conference on Genome Informatics   16 ( 1 )   182 - 91   2005年

Estimating gene regulatory networks and protein-protein interactions of Saccharomyces cerevisiae from multiple genome-wide data.

Nariai N, Tamada Y, Imoto S, Miyano S

Bioinformatics (Oxford, England)   21 ( SUPPL. 2 )   ii206 - 12   2005年

Estimating gene networks from expression data and binding location data via Boolean networks

O Hirose, N Nariai, Y Tamada, H Bannai, S Imoto, S Miyano

COMPUTATIONAL SCIENCE AND ITS APPLICATIONS - ICCSA 2005, PT 3   3482   349 - 356   2005年

Intrasplicing--analysis of long intron sequences.

Ott, S., Tamada, Y., Bannai, H., Nakai, K., Miyano, S.

Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing   2003年

Estimating gene networks from gene expression data by combining Bayesian network model with promoter element detection.

Tamada Y, Kim S, Bannai H, Imoto S, Tashiro K, Kuhara S, Miyano S

Bioinformatics (Oxford, England)   19 ( SUPPL. 2 )   ii227 - 36   2003年

Fast algorithm for extracting multiple unordered short motifs using bit operations

Osamu Maruyama, Hideo Bannai, Yoshinori Tamada, Satoru Kuhara, Satoru Miyano

Information Sciences   146 ( 1-4 )   115 - 126   2002年10月

Extensive feature detection of N-terminal protein sorting signals.

Bannai H, Tamada Y, Maruyama O, Nakai K, Miyano S

Bioinformatics (Oxford, England)   18 ( 2 )   298 - 305   2002年02月

Foundations of designing computational knowledge discovery processes

Tamada, Y., Bannai, H., Maruyama, O., Miyano, S.

Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics)   2281   2002年

Fast algorithm for extracting multiple unordered short motifs using bit operations

O Maruyama, H Bannai, Y Tamada, S Kuhara, S Miyano

PROCEEDINGS OF THE 6TH JOINT CONFERENCE ON INFORMATION SCIENCES   1180 - 1185   2002年

VML: A View Modeling Language for computational knowledge discovery

Bannai, H., Tamada, Y., Maruyama, O., Miyano, S.

Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics)   2226   2001年

Views: Fundamental Building Blocks in the Process of Knowledge Discovery

Hideo Bannai, Yoshinori Tamada, Osamu Maruyama, Satoru Miyano

Proceedings of the 14th International FLAIRS Conference   233 - 238   2001年

HypothesisCreator: Concepts for Accelerating the Computational Knowledge Discovery Process.

Hideo Bannai, Yoshinori Tamada, Osamu Maruyama, Satoru Miyano

Electron. Trans. Artif. Intell.   5 ( B )   73 - 83   2001年

Concepts for Accelerating the Computational Knowledge Discovery Process

Hideo Bannai, Yoshinori Tamada, Osamu Maruyama, Satoru Miyano

Linkoping Electronic Articles in Computer and Information Science   6   2001年

岩木健康増進プロジェクト健診における食事栄養とロコモティブシンドロームとの関連

山本 晃子 , 中村 太朗 , 神通 寛子 , 長谷川 絵美 , 古田 千恵 , 岡辺 有紀 , 村下 公一 , 三上 達也 , 玉田 嘉紀 , 鄭 松尹 , 中路 重之

日本公衆衛生学会総会抄録集   81   213 - 213   2022年9月

岩木健康増進プロジェクト健診における食事栄養とロコモティブシンドロームとの関連

山本 晃子, 中村 太朗, 神通 寛子, 長谷川 絵美, 古田 千恵, 岡辺 有紀, 村下 公一, 三上 達也, 玉田 嘉紀, 鄭 松尹, 中路 重之

日本公衆衛生学会総会抄録集   81回   213 - 213   2022年9月

弘前COI岩木健康増進プロジェクト健診でのアミノインデックス生活習慣病リスクスクリーニング結果と生活習慣因子の関連

矢野 由紀 , 中村 英寛 , 今泉 明 , 村下 公一 , 三上 達也 , 玉田 嘉紀 , 鄭 松尹 , 中路 重之

人間ドック   37 ( 2 )   392 - 392   2022年8月

弘前COI岩木健康増進プロジェクト健診でのアミノインデックス生活習慣病リスクスクリーニング結果と生活習慣因子の関連

矢野 由紀, 中村 英寛, 今泉 明, 村下 公一, 三上 達也, 玉田 嘉紀, 鄭 松尹, 中路 重之

人間ドック   37 ( 2 )   392 - 392   2022年8月

岩木健康増進プロジェクトという単一フィールドでの多領域にわたる口腔内・腸内細菌研究

中路 重之 , 井元 清哉 , 玉田 嘉紀 , 岡本 哲平 , 大里 直樹 , 飯野 勢 , 佐藤 憲明 , 小林 恒 , 松原 篤 , 久田 貴義

Microbiome Science   1 ( 1 )   34 - 42   2022年7月

【健康長寿にかかわる腸内細菌の役割に迫る】岩木健康増進プロジェクトという単一フィールドでの多領域にわたる口腔内・腸内細菌研究

中路 重之, 井元 清哉, 玉田 嘉紀, 岡本 哲平, 大里 直樹, 飯野 勢, 佐藤 憲明, 小林 恒, 松原 篤, 久田 貴義

Microbiome Science   1 ( 1 )   34 - 42   2022年7月

多層オミックスと機械学習による軽度認知障害の予測モデルの構築

多田羅 洋太 , 中村 智洋 , 千葉 満 , 三枝 大輔 , 山嵜 博未 , 勝岡 史城 , 葛西 秋宅 , 川瀬 倫子 , 本間 リナ , 松田 りら , 藤本 哲太 , 荘司 美穂 , 元池 育子 , 玉田 嘉紀 , 橋爪 克仁 , 東海林 幹夫 , 木下 賢吾 , 伊東 健

日本認知症学会誌   35 ( 4 )   660 - 660   2021年10月

多層オミックスと機械学習による軽度認知障害の予測モデルの構築

多田羅 洋太, 中村 智洋, 千葉 満, 三枝 大輔, 山嵜 博未, 勝岡 史城, 葛西 秋宅, 川瀬 倫子, 本間 リナ, 松田 りら, 藤本 哲太, 荘司 美穂, 元池 育子, 玉田 嘉紀, 橋爪 克仁, 東海林 幹夫, 木下 賢吾, 伊東 健

Dementia Japan   35 ( 4 )   660 - 660   2021年10月

AIによる医療ビッグデータ解析

玉田 嘉紀

弘前市医師会報   56 ( 4 )   49 - 52   2021年8月

電子カルテデータを用いた機械学習によるAKI発症予測モデルの構築と検証

内野詠一郎, 内野詠一郎, 佐藤憲明, 佐藤憲明, 櫻木実, 櫻木実, 玉田嘉紀, 山田博之, 山田博之, 柳田素子, 奥野恭史

日本集中治療医学会学術集会(Web)   48th ( Suppl.2 )   288 - 288   2021年

胎児性肺癌における遺伝子ネットワーク解析

笠島 理加, 鈴木 理樹, 清水 英悟, 玉田 嘉紀, 新井田 厚司, 山口 類, 井元 清哉, 古川 洋一, 宮野 悟, 横瀬 智之, 宮城 洋平

日本癌学会総会記事   79回   PJ14 - 1   2020年10月

Dynamic change of gene-to-gene regulatory networks in response to SARS-CoV-2 infection

Yoshihisa Tanaka, Kako Higashihara, Mai Adachi Nakazawa, Fumiyoshi Yamashita, Yoshinori Tamada, Yasushi Okuno

arXiv   2020年8月

【AI、ICT】臨床データを用いた医療ビッグデータの解析と創薬への応用

内野 詠一郎, 佐藤 憲明, 小島 諒介, 玉田 嘉紀, 柳田 素子, 奥野 恭史

日本腎臓学会誌   62 ( 2 )   64 - 68   2020年3月

AIと医療 データ主導型個別化医療と予測医療

奥野 恭史, 小清水 宏, 鎌田 真由美, 玉田 嘉紀, 小島 諒介, 内野 詠一郎

あいみっく   41 ( 1 )   2 - 5   2020年2月

機械学習を利用した医療現場の退院時サマリ作成業務軽減に向けた試み

早川龍雄, 内野詠一郎, 玉田嘉紀, 奥野恭史

言語処理学会年次大会発表論文集(Web)   26th   2020年

電子カルテデータを用いた腎疾患AI

内野 詠一郎, 玉田 嘉紀, 奥野 恭史

第93回日本薬理学会年会要旨集   93 ( 0 )   2 - CS   2020年

【AIとがん研究 その妥当性、有効性 ゲノム・エピゲノムから細胞・医用画像まで】分子レベルにおけるAIの創薬応用

田中 良尚, 小島 諒介, 玉田 嘉紀, 鎌田 真由美, 奥野 恭史

実験医学   37 ( 16 )   2702 - 2707   2019年10月

【創薬とIT】標的分子探索、ドラッグリポジショニング、オミクスメカニズム解明

岩田 浩明, 小島 諒介, 玉田 嘉紀

細胞   51 ( 7 )   318 - 321   2019年6月

【医療におけるAIの活用】医療×AI AIの基礎と医療への応用

玉田 嘉紀, 佐藤 憲明, 奥野 恭史

整形・災害外科   62 ( 3 )   215 - 221   2019年3月

電子カルテ診療録に対する機械学習を用いた重要キーワード抽出機能の開発と今後の診療支援機能への展望

早川 龍雄, 井上 和仁, 玉田 嘉紀, 内野 詠一郎, 奥野 恭史

医療情報学連合大会論文集   38回   788 - 791   2018年11月

日本人における前立腺癌の遺伝子変異解析と癌化経路の予測

笠島 理加, 山口 類, 清水 英悟, 玉田 嘉紀, 新井田 厚司, 岸田 健, 青木 一郎, 井元 清哉, 宮野 悟, 上村 博司, 宮城 洋平

日本癌学会総会記事   75回   P - 2242   2016年10月

Significant growth suppressive effects of TOPK and MELK inhibitors in kidney cancer

Taigo Kato, Hiroyuki Inoue, Seiya Imoto, Yoshinori Tamada, Takashi Miyamoto, Yo Matsuo, Yusuke Nakamura, Jae-Hyun Park

CANCER RESEARCH   76   2016年7月

【ビッグデータ 変革する生命科学・医療 激増するオミクスデータ・医療データとどう向き合い、どう活用すべきか?】(第1章)ビッグデータと生命科学 「京」を使った大規模データ解析によるがんのシステム異常の網羅的解析

宮野 悟, 伊東 聰, Park Heewon, 白石 友一, 島村 徹平, 玉田 嘉紀, 井元 清哉

実験医学   34 ( 5 )   733 - 738   2016年3月

肺腺癌におけるβカテニンの活性化はイレッサ(gefitinib)への耐性に寄与する

中田 飛鳥, 吉田 亮, 山口 類, 玉田 嘉紀, 藤田 アンドレ, 島村 徹平, 井元 清哉, 樋口 知之, 野村 将春, 木村 達郎, 軒原 浩, 東山 聖彦, 近藤 和也, 西原 広史, 東條 有伸, 矢野 聖二, 宮野 悟, 後藤 典子

日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集   88回・38回   [3P1117] - [3P1117]   2015年12月

乳がん患者のタキサン系抗がん剤による術前化学療法の応答性予測

宮口 健, 井元 清哉, 牛嶋 大, 松浦 正明, 玉田 嘉紀, 山口 類, 宮野 悟, 三木 義男

日本癌学会総会記事   74回   J - 1175   2015年10月

肺腺癌におけるβカテニンの活性化はイレッサ(gefitinib)への耐性に寄与する

中田 飛鳥, 木村 達郎, 軒原 浩, 東山 聖彦, 近藤 和也, 西原 広史, 東條 有伸, 矢野 聖二, 宮野 悟, 後藤 典子, 吉田 亮, 山口 類, 玉田 嘉紀, 藤田 アンドレ, 島村 徹平, 井元 清哉, 樋口 知之, 野村 将春

日本分子腫瘍マーカー研究会誌   31 ( 0 )   46 - 47   2015年

乳がん患者のパクリタキセル応答性に関わる遺伝子ネットワーク解析

宮口 健, 井元 清哉, 牛嶋 大, 松浦 正明, 玉田 嘉紀, 山口 類, 宮野 悟, 三木 義男

日本癌学会総会記事   73回   P - 3394   2014年9月

システムズバイオロジー手法を用いた肺癌の分子病態に関わる遺伝子制御ネットワークの描出

梶野 泰祐, 有馬 千夏, 玉田 嘉紀, 井元 清哉, 島田 友香子, 宮野 悟, 高橋 隆

日本癌学会総会記事   71回   252 - 253   2012年8月

Genomon:がん細胞における体細胞変異を検出するためのエキソームシークエンスデータ解析パイプライン

千葉 健一, 白石 友一, Chalkidis Georgios, 島村 徹平, 新井田 厚司, 山口 類, 田中 洋子, 玉田 嘉紀, 井元 清哉, 小川 誠司, 宮野 悟

日本癌学会総会記事   71回   538 - 539   2012年8月

miRNAとmRNAの統合解析による肺腺癌の多様性の検討

有馬 千夏, 玉田 嘉紀, 梶野 泰祐, 島田 友香子, 井元 清哉, 冨田 秀太, 宮野 悟, 高橋 隆

日本癌学会総会記事   71回   254 - 254   2012年8月

GPUにおけるダイバージェンス削減による高速化手法

加藤 誠也, 須田 礼仁, 玉田 嘉紀

研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング（HPC）   2012 ( 5 )   1 - 11   2012年5月

2SD-04 「京」による大規模遺伝子ネットワーク推定(2SD スーパーコンピューティング:分子ネットワークと細胞内ダイナミクス,シンポジウム,日本生物物理学会第50回年会(2012年度))

玉田 嘉紀, Shimamura Teppei, Yamaguchi Rui, Niida Atsushi, Saito Ayumu, Kataoka Yuto, Imoto Seiya, Nagasaki Masao, Miyano Satoru

生物物理   52 ( 0 )   S12   2012年

動的ネットワーク構造探索の計算イニシアティブ バイオマーカー・分子標的探索のための動的ネットワークを予測する計算科学的方法の開発

井元 清哉, 山口 類, 島村 徹平, 玉田 嘉紀, 長崎 正朗, 斉藤 あゆむ, 植野 和子, 畑中 洋亮, 吉田 亮, 樋口 知之, 山内 麻衣, 後藤 典子, 宮野 悟

日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集   81回・31回   4S8 - 4   2008年11月

DryadeによるGene Network DAGデータからの飽和頻出木マイニング

ターミエ アレックサンドル, 鷲尾 隆, 樋口 知之, 玉田 嘉紀, 井元 清哉, 大原 剛三, 元田 浩

人工知能学会全国大会論文集   6 ( 0 )   7 - 7   2006年

共通配列探索手法とベイジアンネットワークによる遺伝子ネットワーク推定

玉田 嘉紀, 金 順暎, 坂内 英夫, 井元 清哉, 田代 康介, 久原 哲, 宮野 悟

日本統計学会講演報告集   71   145 - 146   2003年9月

B-8 共通配列探索手法とベイジアンネットワークによる遺伝子ネットワーク推定(企画セッション:DNAアレイデータ解析に関する統計的諸問題)(2003年度統計関連学会連合大会記録(日本統計学会第71回大会))

玉田 嘉紀, 金 順暎, 坂内 英夫, 井元 清哉, 田代 康介, 久原 哲, 宮野 悟

日本統計学会誌   33 ( 3 )   393 - 393   2003年

ゲノムデータからの知識発見の支援システム--ソフトウエアライブラリHypothesis Creator (ゲノムサイエンスの新たなる挑戦) -- (第3部 ゲノム情報科学)

坂内 英夫, 玉田 嘉紀, 丸山 修

蛋白質核酸酵素   46 ( 16 )   2555 - 2560   2001年12月

A system for supporting knowledge discovery from genomic data: software library Hypothesis Creator

Bannai, H., Tamada, Y., Maruyama, O., Miyano, S.

Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme   46 ( 16 Suppl )   2001年

データビューと仮説生成系のデザイン機能を有する発見支援システムHypothesisCreator (小特集 「発見科学」及び一般演題)

丸山 修, 玉田 嘉紀, 坂内 英夫

人工知能基礎論研究会   ( 41 )   129 - 132   2000年7月

2023年度，データサイエンス発展Ⅱ②（オンデマンド），教養教育科目

2023年度，情報処理入門A－データサイエンス発展Ⅰ②（オンデマンド）－，教養教育科目

2023年度，情報処理入門Ｂ【M医】，教養教育科目

2023年度，数学の世界－データサイエンス発展Ⅱ②（オンデマンド）－，教養教育科目

2022年度，医学英語Ⅰ（クラスＡ），専門教育科目（学部）

2022年度，医学英語Ⅰ（クラスＢ），専門教育科目（学部）

2022年度，医療機器特論，修士課程・博士前期課程

2022年度，医学研究概論 I ，博士一貫課程・博士後期課程

2022年度，医療データ解析学実験実習，博士一貫課程・博士後期課程

2022年度，医療データ解析学演習，博士一貫課程・博士後期課程

2022年度，医療データ解析学講義，博士一貫課程・博士後期課程

2022年度，データサイエンス基礎【M医】，教養教育科目

2022年度，基礎ゼミナール，教養教育科目

2021年度，基礎人体科学演習，専門教育科目（学部）

2021年度，医療機器特論，修士課程・博士前期課程

2021年度，医学研究概論 I ，博士一貫課程・博士後期課程

2021年度，医療データ解析学演習，博士一貫課程・博士後期課程

2021年度，医療データ解析学講義，博士一貫課程・博士後期課程

2021年度，基礎ゼミナール，教養教育科目