所属
理工学研究科 研究部
外部リンク
フジモト ケンジ
藤本 健二
Fujimoto Kenji
学位
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博士（情報科学）
学歴
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大阪大学 大学院情報科学研究科 バイオ情報工学専攻
2019年04月 ～ 2023年03月
国名： 日本国
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大阪大学 基礎工学部 情報科学科
2016年04月 ～ 2019年03月
国名： 日本国
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奈良工業高等専門学校 情報工学科
2011年04月 ～ 2016年03月
国名： 日本国
学内職務経歴
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弘前大学 理工学研究科 研究部 助教
2025年04月 ～ 現在
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弘前大学 医学研究科 健康寿命延伸学講座 特任助教
2023年04月 ～ 2025年03月
学外略歴
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弘前大学 大学院理工学研究科 助教
2025年04月 ～ 現在
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弘前大学 大学院医学研究科 特任助教
2023年04月 ～ 2025年03月
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独立行政法人日本学術振興会 特別研究員
2021年04月 ～ 2023年03月
研究キーワード
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細胞トラッキング
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健康情報学
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バイオイメージインフォマティクス
研究分野
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情報通信 / 生命、健康、医療情報学
所属学協会
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日本バイオインフォマティクス学会
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情報処理学会
論文
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動画像シミュレータを介した強化学習による細胞追跡手法
長村 徹, 瀬尾 茂人, 藤本 健二, 繁田 浩功, 松田 秀雄
情報処理学会論文誌 数理モデル化と応用 (TOM) 16 ( 2 ) 11 - 22 2023年10月
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A Cell Tracking Method for Dynamic Analysis of Immune Cells Based on Deep Learning
Aya Watanabe, Kenji Fujimoto, Hironori Shigeta, Shigeto Seno, Yutaka Uchida, Masaru Ishii, Hideo Matsuda
International Journal of Machine Learning 13 ( 2 ) 64 - 69 2023年04月
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A CNN-based Cell Tracking Method for Multi-Slice Intravital Imaging Data
Kenji Fujimoto, Tsubasa Mizugaki, Utkrisht Rajkumar, Hironori Shigeta, Shigeto Seno, Yutaka Uchida, Masaru Ishii, Vineet Bafna, Hideo Matsuda
Proceedings of the 12th ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics 2021年08月
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Tracking and Analysis of FUCCI-Labeled Cells Based on Particle Filters and Time-to-Event Analysis
Kenji Fujimoto, Shigeto Seno, Hironori Shigeta, Tomohiro Mashita, Masaru Ishii, Hideo Matsuda
International Journal of Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics 10 ( 2 ) 94 - 109 2020年04月
総説・短報・翻訳等
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INGOR - Biological network estimation software
Yoshinori Tamada, Mai Nakazawa, Kenji Fujimoto, Kotaro Harada, Minoru Sakuragi, Yohei Harada, Yasushi Okuno
1st Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference (APBJC 2024) 2024年10月
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Overlap-Aware Cell Tracker for Fluorescence Live-Cell Microscopy
Kenji Fujimoto, Shigeto Seno, Hironori Shigeta, Yutaka Uchida, Masaru Ishii, Yoshinori Tamada, Hideo Matsuda
1st Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference (APBJC 2024) 2024年10月
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弘前市いきいき健診コホートにおける心理社会的アウトカムと健康度の関係性
沢田かほり, 三上達也, 石田水里, 岩根拓朗, 植村望, 横山慎太朗, 田中吏, 藤本健二, 橋本泰裕, 村下公一, 玉田嘉紀, 伊東健, 中路重之
日本社会精神医学会プログラム・抄録集 42 2024年8月
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経時観測蛍光画像における細胞同士の重畳を考慮した細胞追跡手法
藤本 健二, 瀬尾 茂人, 繁田 浩功, 内田 穣, 石井 優, 玉田 嘉紀, 松田 秀雄
第27回画像の認識・理解シンポジウム（MIRU2024） 2024年8月
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Cell tracking through video frame interpolation for live cell imaging
藤本 健二, 瀬尾 茂人, 繁田 浩功, 内田 穣, 石井 優, 玉田 嘉紀, 松田 秀雄
2023年日本バイオインフォマティクス学会年会 第12回生命医薬情報学連合大会 2023年9月
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INGOR / SiGN-BN - Gene Network Estimation Software
玉田 嘉紀, 中澤 麻衣, 太田 可純, 原田 陽平, 藤本 健二, 鎌田 真由美, 奥野 恭史
2023年日本バイオインフォマティクス学会年会 第12回生命医薬情報学連合大会 2023年9月
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ポストコロナ時代における健診のデジタル化の検討
岩根 拓朗, 沢田 かほり, 藤本 健二, 肥後 学, 三上 達也, 村下 公一, 玉田 嘉紀, 中路 重之
第31回体力・栄養・免疫学会大会 2023年8月
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動画像シミュレータと強化学習による細胞追跡手法
長村 徹, 瀬尾 茂人, 藤本 健二, 繁田 浩功, 松田 秀雄
定量生物学の会第十回年会 2022年12月
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細胞動画像シミュレータを介した強化学習による細胞追跡手法
長村 徹, 瀬尾 茂人, 藤本 健二, 繁田 浩功, 松田 秀雄
第25回画像の認識・理解シンポジウム (MIRU2022) 2022年7月
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炎症刺激に対する免疫細胞の動態解析のための深層学習に基づく細胞追跡手法
渡部 綾, ブライソン ジェームス, 藤本 健二, 繁田 浩功, 瀬尾 茂人, 松田 秀雄
情報処理学会 第137回数理モデル化と問題解決 (MPS) 研究発表会 2022年3月
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A Method for Tracking Cell Migration in vivo based on Deep Learning with Target Detection
Tsubasa Mizugaki, Utkrisht Rajkumar, Kenji Fujimoto, Hironori Shigeta, Shigeto Seno, Yutaka Uchida, Masaru Ishii, Vineet Bafna, Hideo Matsuda
2020 28th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) 2020年7月
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Data Augmentation for Immune Cell Tracking using Random Walk Models and Generative Adversarial Networks
Kenji Fujimoto, Shigeto Seno, Hironori Shigeta, Tomohiro Mashita, Yutaka Uchida, Masaru Ishii, Hideo Matsuda
BioImage Informatics 2019 2019年10月
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細胞画像の領域分割のための敵対的生成ネットワークを用いた訓練データ生成手法
藤本 健二, 瀬尾 茂人, 渡邊 誓旅, 繁田 浩功, 間下 以大, 松田 秀雄
第22回画像の認識・理解シンポジウム (MIRU2019) 2019年8月
受賞
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情報処理学会論文賞
2025年03月
担当授業科目（学内）
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2025年度，電子情報工学実験III，専門教育科目（学部）