Microbial diversity in the phyllosphere and rhizosphere of an apple orchard managed under prolonged “Natural Farming” practices

Ying-Hong He, Charith Raj Adkar-Purushothama, Tsutae Ito, Asuka Shirakawa, Hideki Yamamoto, Akiko Kashiwagi*, Ayumu Tatewaki, Misato Fujibayashi, Shuichi Sugiyama, Katsuhiko Yaginuma, Tomoya Akahira, Shingen Yamamoto, Seiya Tsushima, Yuko Matsushita and Teruo Sano

Microorganisms   9 ( 10 )   2056   2021年09月

The single-stranded RNA bacteriophage Qβ adapts rapidly to high temperatures: an evolution experiment

Md. Tanvir Hossain, Toma Yokono and Akiko Kashiwagi

Viruses-Basel   12 ( 6 )   638   2020年06月

Complete genomic sequence of Pseudomonas lactis bacteriophage HU1 isolated from raw cow's milk.

Tanaka C, Nakayama T, Toba T, Kashiwagi A

Archives of virology   165 ( 1 )   215 - 217   2020年01月

フラスコの中で変異と選択を繰り返す実験進化:酵素の機能改変から生物進化の仮説検証まで

柏木 明子

化学と生物   58 ( 4 )   202 - 203   2020年

Influence of adaptive mutations, from thermal adaptation experiments, on the infection cycle of RNA bacteriophage Qβ.

Akiko Kashiwagi, Tamami Kadoya, Naoya Kumasaka, Tomofumi Kumagai, Fumie Sano Tsushima, Tetsuya Yomo

Archives of virology   163 ( 10 )   2655 - 2662   2018年10月

A Lytic Bacteriophage for Controlling Pseudomonas lactis in Raw Cow's Milk.

Tanaka C, Yamada K, Takeuchi H, Inokuchi Y, Kashiwagi A, Toba T

Applied and environmental microbiology   84 ( 18 )   2018年09月

Characterization of a single mutation in TraQ in a strain of Escherichia coli partially resistant to Qβ infection

Akiko Kashiwagi, Hikari Kitamura, Fumie Sano Tsushima

Frontiers in Microbiology   6   124   2015年02月

Contribution of silent mutations to thermal adaptation of RNA bacteriophage Qβ.

Kashiwagi A, Sugawara R, Sano Tsushima F, Kumagai T, Yomo T

Journal of virology   88 ( 19 )   11459 - 68   2014年10月

Adaptation of a cyanobacterium to a biochemically rich environment in experimental evolution as an initial step toward a chloroplast-like state

Hosoda K, Habuchi M, Suzuki S, Miyazaki M, Takikawa G, Sakurai T, Kashiwagi A, Sueyoshi M, Matsumoto Y, Kiuchi A, Mori K, Yomo T.

PLoS ONE   9 ( 5 )   e98337   2014年05月

Quantitative comparison of the RNA bacteriophage Qβ life cycle in rich and minimal media

Tomonori Inomata, Hitomi Kimura, Haruki Hayasaka, Akinori Shiozaki, Yasuhiro Fujita, Akiko Kashiwagi

Archives of Virology   2012年07月

Ongoing phenotypic and genomic changes in experimental coevolution of RNA bacteriophage Qβ and Escherichia coli

Akiko Kashiwagi, Tetsuya Yomo

PLoS Genetics   7 ( 8 )   2011年08月

Adaptation by stochastic switching of a monostable genetic circuit in Escherichia coli

Saburo Tsuru, Nao Yasuda, Yoshie Murakami, Junya Ushioda, Kotaro Mori, Akiko Kashiwagi, Shingo Suzuki, Bei-Wen Ying, Tetsuya Yomo

Molecular Systems Biology   7   2011年03月

Cooperative adaptation to establishment of a synthetic bacterial mutualism

Kazufumi Hosoda, Shingo Suzuki, Yoshinori Yamauchi, Yasunori Shiroguchi, Akiko Kashiwagi, Naoaki Ono, Kotaro Mori, Tetsuya Yomo

PLoS ONE   6 ( 2 )   2011年02月

Transition from positive to neutral in mutation fixation along with continuing rising fitness in thermal adaptive evolution

Toshihiko Kishimoto, Leo Iijima, Makoto Tatsumi, Naoaki Ono, Ayana Oyake, Tomomi Hashimoto, Moe Matsuo, Masato Okubo, Shingo Suzuki, Kotaro Mori, Akiko Kashiwagi, Chikara Furusawa, Bei-Wen Ying, Tetsuya Yomo

PLoS Genetics   6 ( 10 )   2010年10月

Still alive(女性研究者のキャリアを考える)

柏木 明子

生物工学会誌 : seibutsu-kogaku kaishi   88 ( 4 )   184 - 185   2010年04月

弘前大学の生物工学会会員です(北日本支部,Branch Spirit)

柏木 明子, 園木 和典

生物工学会誌 : seibutsu-kogaku kaishi   88 ( 6 )   2010年

Noisy cell growth rate leads to fluctuating protein concentration in bacteria.

Tsuru S, Ichinose J, Kashiwagi A, Ying BW, Kaneko K, Yomo T

Physical biology   6 ( 3 )   036015   2009年06月

Evolution of carrying capacity in evolution experiments focusing on a single locus on the Escherichia coli chromosome

Kotaro Mori, Akiko Kashiwagi, Itaru Urabe and Tetsuya Yomo

BioSystems   95 ( 2 )   114 - 119   2009年02月

Construction of Escherichia coli gene expression level perturbation collection.

Kashiwagi A, Sakurai T, Tsuru S, Ying BW, Mori K, Yomo T

Metabolic engineering   11 ( 1 )   56 - 63   2009年01月

1P-241 2種の栄養要求性大腸菌からなる人工相利共生系において観察される協力的な適応的表現型可塑性(生態/環境,第47回日本生物物理学会年会)

Hosoda Kazufumi, Mori Kotaro, Kashiwagi Akiko, Suzuki Shingo, Yomo Tetsuya

生物物理   49 ( 0 )   2009年

2P-143 栄養枯渇に対する適応応答における遺伝子発現の確率性(細胞生物的課題(接着,運動,骨格,伝達,膜),第47回日本生物物理学会年会)

Tsuru Saburo, Ying Bei-Wen, Mori Kotaro, Ushioda Junya, Kashiwagi Akiko, Yomo Tetsuya

生物物理   49 ( 0 )   2009年

An improved physico-chemical model of hybridization on high-density oligonucleotide microarrays.

Ono N, Suzuki S, Furusawa C, Agata T, Kashiwagi A, Shimizu H, Yomo T

Bioinformatics (Oxford, England)   24 ( 10 )   1278 - 85   2008年05月

Phenotypic plasticity of Escherichia coli at initial stage of symbiosis with Dictyostelium discoideum.

Yamada A, Matsuyama S, Todoriki M, Kashiwagi A, Urabe I, Yomo T

Bio Systems   92 ( 1 )   1 - 9   2008年04月

An improved physico-chemical model of hybridization on high-density oligonucleotide microarrays

Naoki Ono, Shingo Suzuki, Chikara Furusawa, Tomoharu Agata, Akiko Kashiwagi, Hiroshi Shimizu and Tetsuya Yomo

Bioinformatics   24 ( 10 )   1278 - 1285   2008年03月

3P-284 大腸菌と細胞性粘菌からなる共生コロニー目形成過程における大腸菌の詳細な遺伝子発現解析(生命の起源・進化,第46回日本生物物理学会年会)

Kihara Kumiko, Mori Kotaro, Ono Naoki, Suzuki Shingo, Kashiwagi Akiko, Furusawa Chikara, Yomo Tetsuya

生物物理   48 ( 0 )   2008年

Analysis of fluctuation in protein abundance without promoter regulation based on Escherichia coli continuous culture.

Yamada T, Furusawa C, Nagahisa K, Kashiwagi A, Yomo T, Shimizu H

Bio Systems   90 ( 3 )   614 - 22   2007年11月

Experimental optimization of probe length to increase the sequence specificity of high-density oligonucleotide microarrays

Shingo Suzuki, Naoki Ono, Chikara Furusawa, Akiko Kashiwagi and Tetsuya Yomo

BMC Genomics   8   373   2007年10月

Insight into the sequence specificity of a probe on an Affymetrix GeneChip by titration experiments using only one oligonucleotide

Shingo Suzuki, Chikara Furusawa, Naoki Ono, Akiko Kashiwagi, Itaru Urabe and Tetsuya Yomo

BIOPHYSICS   3   47 - 56   2007年09月

Analysis of Fluctuation in Protein Abundance without Promoter Regulation based on Escherichia coli Continuous Culture

Tadashi Yamada, Chikara Furusawa, Keisuke Nagahisa, Akiko Kashiwagi, Tetsuya Yomo, and Hiroshi Shimizu

BioSystems   90 ( 3 )   614 - 622   2007年02月

2E10-3 大腸菌内一遺伝子発現量可変株の構築(遺伝子工学・核酸工学,一般講演)

柏木 明子, 櫻井 崇弘, 森 光太郎, 四方 哲也

日本生物工学会大会講演要旨集   19   2007年

1P234 大腸菌と細胞性粘菌の実験室内共生系における大腸菌の遺伝子発現ダイナミクス解析(生命情報科学(機能ゲノミクス),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)

木原 久美子, 小野 直亮, 鈴木 真吾, 柏木 明子, 古澤 力, 四方 哲也

生物物理   47 ( 0 )   2007年

Adaptive Response of a Gene Network to Environmental Changes by Fitness-induced Attractor Selection

Akiko Kashiwagi, Itaru Urabe, Kunihiko Kaneko and Tetsuya Yomo

Plos ONE   1 ( 1 )   e49 - e49   2006年12月

Inherent Characteristics of Gene Expression for Buffering Environmental Changes

Takao Suzuki, Akiko Kashiwagi, Itaru Urabe and Tetsuya Yomo

BIOPHYSICS   2   63 - 70   2006年11月

Analysis of fluctuation in gene expression based on continuous culture system

Tadashi Yamada, Makoto Sadamitsu, Keisuke Nagahisa, Akiko Kashiwagi, Chikara Furusawa, Tetsuya Yomo, and Hiroshi Shimizu

Bio-ADIT 2006   113 - 127   2006年06月

Inherent characteristics of gene expression for buffering environmental changes without the corresponding transcriptional regulations.

Suzuki T, Kashiwagi A, Urabe I, Yomo T

Biophysics (Nagoya-shi, Japan)   2   63 - 70   2006年

Ubiquity of log-normal distributions in intra-cellular reaction dynamics

Chikara Furusawa, Takao Suzuki, Akiko Kashiwagi, Tetsuya Yomo and Kunihiko Kaneko

BIOPHYSICS   1   25 - 31   2005年04月

History dependent effects on phenotypic expression of a newly emerged gene.

Suzuki T, Kashiwagi A, Mori K, Urabe I, Yomo T

Bio Systems   77 ( 1-3 )   137 - 41   2004年11月

Analysis of Cell Population Dynamics in Continuous Culture of Escherichia coli

Tadashi Yamada, Kouichi.Maeoka, Akiko Kashiwagi, Keisuke Nagahisa,

Proceeding of Asian Pacific Confederation of Chemical Engineering   3P ( 01 )   087   2004年10月

Calcr, a brain-specific imprinted mouse calcitonin receptor gene in the imprinted cluster of the proximal region of chromosome 6.

Hoshiya H, Meguro M, Kashiwagi A, Okita C, Oshimura M

Journal of human genetics   48 ( 4 )   208 - 11   2003年

Plasticity of fitness and diversification process during an experimental molecular evolution

Akiko Kashiwagi, Wataru Noumachi, Masato Katsuno, Mohammad. T. Alam, Itaru Urabe and Tetsuya Yomo

Journal of Molecular Evolution   52 ( 6 )   502 - 509   2001年06月

How small can the difference among competitors be for coexistence to Occur

Akiko Kashiwagi, Tadashi Kanaya, Tetsuya Yomo, and Itaru Urabe

Researches on Population Ecology   40 ( 2 )   223 - 226   1998年06月

Fate of a mutant emerging at the initial stage of evolution

Xu Wei.-Zhong., Akiko Kashiwagi, Tetsuya Yomo, and Itaru Urabe

Researches on Population Ecology   38 ( 2 )   231 - 237   1996年06月

生命システム探求への構成的アプローチにおけるBD FACS™フローサイトメーターの応用

森　光太郎、角南　武志、伊藤　洋一郎、柏木　明子、四方　哲也

BD Biosciences Cell Analysis Science Avanzato   4   2009年4月

Dynamic Behavior of Cell Distribution in Continuous Culture of Escherichia coli

Tadashi Yamada, Kohei Maeoka, Akiko Kashiwagi, Keisuke Nagahisa, Chikara Furusawa, Suteaki Shioya, Tetsuya Yomo, Hiroshi Shimizu

ソフトウエアバイオロジー   4   31 - 36   2005年3月

2023年度，微生物バイオテクノロジーII，専門教育科目（学部）

2023年度，食料資源学基礎実験，専門教育科目（学部）

2023年度，食料資源学概論，専門教育科目（学部）

2023年度，食料資源学演習I，専門教育科目（学部）

2023年度，食料資源学演習II，専門教育科目（学部）

2023年度，構成的生態学I，修士課程・博士前期課程

2023年度，構成的生態学II，修士課程・博士前期課程

2023年度，農学生命科学特論Ⅱ，修士課程・博士前期課程

2023年度，特別演習（連大），博士一貫課程・博士後期課程

2023年度，特別研究（連大），博士一貫課程・博士後期課程

2023年度，キャリア形成の基礎【A】，教養教育科目

2023年度，データサイエンス基礎【A食料】，教養教育科目

2023年度，基礎ゼミナール【A食料】，教養教育科目

2023年度，情報処理入門Ｂ【A食料】，教養教育科目

2022年度，バイオテクノロジー実験，専門教育科目（学部）

2022年度，卒業研究，専門教育科目（学部）

2022年度，微生物バイオテクノロジーI，専門教育科目（学部）

2022年度，微生物バイオテクノロジーII，専門教育科目（学部）

2022年度，食料資源学基礎実験，専門教育科目（学部）

2022年度，食料資源学概論，専門教育科目（学部）

2022年度，食料資源学演習I，専門教育科目（学部）

2022年度，食料資源学演習II，専門教育科目（学部）

2022年度，学会等発表，修士課程・博士前期課程

2022年度，学術特別演習Ⅱ，修士課程・博士前期課程

2022年度，学術特別研究II，修士課程・博士前期課程

2022年度，構成的生態学I，修士課程・博士前期課程

2022年度，構成的生態学II，修士課程・博士前期課程

2022年度，科学英語，修士課程・博士前期課程

2022年度，特別演習（連大），博士一貫課程・博士後期課程

2022年度，特別研究（連大），博士一貫課程・博士後期課程

2022年度，キャリア形成の基礎【A】，教養教育科目

2022年度，農学の世界－農学領域のバイオテクノロジー－，教養教育科目

2021年度，バイオテクノロジー実験，専門教育科目（学部）

2021年度，卒業研究，専門教育科目（学部）

2021年度，専門英語，専門教育科目（学部）

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2021年度，食料資源学基礎実験，専門教育科目（学部）

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2021年度，食料資源学演習I，専門教育科目（学部）

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2021年度，学術特別演習I，修士課程・博士前期課程

2021年度，実践特別演習II，修士課程・博士前期課程

2021年度，実践特別研究II，修士課程・博士前期課程

2021年度，構成的生態学I，修士課程・博士前期課程

2021年度，構成的生態学II，修士課程・博士前期課程

2021年度，生物資源学特別演習，博士一貫課程・博士後期課程

2021年度，生物資源学特別研究，博士一貫課程・博士後期課程

2021年度，科学コミュニケーション，博士一貫課程・博士後期課程

2021年度，基礎ゼミナール，教養教育科目

2021年度，生物学の世界－生命科学研究概論－，教養教育科目

2020年度，統計学の基礎，21世紀教育科目

2020年度，データ解析の基礎，専門教育科目（学部）

2020年度，バイオテクノロジー実験，専門教育科目（学部）

2020年度，卒業研究，専門教育科目（学部）

2020年度，微生物バイオテクノロジーⅠ，専門教育科目（学部）

2020年度，微生物バイオテクノロジーⅡ，専門教育科目（学部）

2020年度，食料資源学基礎実験，専門教育科目（学部）

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2020年度，学術特別研究II，修士課程・博士前期課程

2020年度，実践特別演習I，修士課程・博士前期課程

2020年度，実践特別研究II，修士課程・博士前期課程

2020年度，構成的生態学I，修士課程・博士前期課程

2020年度，構成的生態学II，修士課程・博士前期課程

2020年度，専攻別特別演習（連大），博士一貫課程・博士後期課程

2020年度，特別研究（連大），博士一貫課程・博士後期課程

2020年度，生物学の世界－生命科学研究概論－，教養教育科目

2020年度，農学の世界－農学領域のバイオテクノロジー－，教養教育科目

2019年度，バイオテクノロジー実験，専門教育科目（学部）

2019年度，卒業研究，専門教育科目（学部）

2019年度，専門英語，専門教育科目（学部）

2019年度，微生物バイオテクノロジーⅠ，専門教育科目（学部）

2019年度，微生物バイオテクノロジーⅡ，専門教育科目（学部）

2019年度，海外研修入門，専門教育科目（学部）

2019年度，生物資源学演習I，専門教育科目（学部）

2019年度，生物資源学演習II，専門教育科目（学部）

2019年度，学術特別演習II，修士課程・博士前期課程

2019年度，学術特別研究II，修士課程・博士前期課程

2019年度，実践特別演習II，修士課程・博士前期課程

2019年度，実践特別研究II，修士課程・博士前期課程

2019年度，専攻別特別演習（連大），修士課程・博士前期課程

2019年度，構成的生態学I，修士課程・博士前期課程

2019年度，構成的生態学II，修士課程・博士前期課程

2019年度，特別研究（連大），修士課程・博士前期課程

2019年度，研究方法論，修士課程・博士前期課程

2019年度，科学英語，修士課程・博士前期課程

2019年度，基礎ゼミナール，教養教育科目

2018年度，統計学の基礎，21世紀教育科目

2018年度，データ解析の基礎，専門教育科目（学部）

2018年度，バイオテクノロジー実験，専門教育科目（学部）

2018年度，卒業研究，専門教育科目（学部）

2018年度，微生物バイオテクノロジーⅠ，専門教育科目（学部）

2018年度，微生物バイオテクノロジーⅡ，専門教育科目（学部）

2018年度，海外研修入門，専門教育科目（学部）

2018年度，生物資源学演習I，専門教育科目（学部）

2018年度，生物資源学演習II，専門教育科目（学部）

2018年度，食料資源学専門実験，専門教育科目（学部）

2018年度，学術特別演習I，修士課程・博士前期課程

2018年度，学術特別研究I，修士課程・博士前期課程

2018年度，構成的生態学I，修士課程・博士前期課程

2018年度，構成的生態学II，修士課程・博士前期課程

2018年度，研究方法論，修士課程・博士前期課程

2018年度，生物資源科学特別研究，博士一貫課程・博士後期課程

2018年度，生物学の世界－生命科学研究概論－，教養教育科目

2018年度，農学の世界－農学領域のバイオテクノロジー－，教養教育科目

2017年度，生物学の基礎Ⅱ（Ａ），21世紀教育科目

2017年度，バイオテクノロジー実験，専門教育科目（学部）

2017年度，卒業研究，専門教育科目（学部）

2017年度，微生物バイオテクノロジーⅠ，専門教育科目（学部）

2017年度，生物資源学演習I，専門教育科目（学部）

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2017年度，食品加工・貯蔵学，専門教育科目（学部）

2017年度，学術特別演習II，修士課程・博士前期課程

2017年度，学術特別研究II，修士課程・博士前期課程

2017年度，実践特別演習I，修士課程・博士前期課程

2017年度，実践特別研究I，修士課程・博士前期課程

2017年度，構成的生態学I，修士課程・博士前期課程

2017年度，構成的生態学II，修士課程・博士前期課程

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2017年度，工学の世界－生物の科学・技術－，教養教育科目

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2016年度，卒業研究，専門教育科目（学部）

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2016年度，学術特別演習I，修士課程・博士前期課程

2016年度，学術特別研究I，修士課程・博士前期課程

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2016年度，構成的生態学II，修士課程・博士前期課程

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2016年度，工学の世界－生物の科学・技術－，教養教育科目

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2011年度，生物の科学・技術（Ｂ），21世紀教育科目

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2011年度，卒業研究，専門教育科目（学部）

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2011年度，生物資源学演習I，専門教育科目（学部）

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2011年度，食品プロセス工学，専門教育科目（学部）

2011年度，食品分析学，専門教育科目（学部）

2011年度，食品加工・貯蔵学，専門教育科目（学部）

2011年度，食品学実験，専門教育科目（学部）

2011年度，食品機能・安全評価学，専門教育科目（学部）

2011年度，応用生命工学専攻セミナー ，修士課程・博士前期課程

2011年度，応用生命工学専攻課題研究II，修士課程・博士前期課程

2011年度，食品化学，修士課程・博士前期課程

2010年度，最先端生命科学概論(A)，21世紀教育科目

2010年度，生物の科学・技術B，21世紀教育科目

2010年度，生物学の基礎II(A)，21世紀教育科目

2010年度，卒業研究，専門教育科目（学部）

2010年度，専門英語I，専門教育科目（学部）

2010年度，応用生命工学演習，専門教育科目（学部）

2010年度，生物資源学演習I，専門教育科目（学部）

2010年度，生物資源学演習II，専門教育科目（学部）

2010年度，食品加工・貯蔵学，専門教育科目（学部）

2010年度，食品機能・安全評価学，専門教育科目（学部）

2010年度，応用生命工学専攻セミナー ，修士課程・博士前期課程

2010年度，応用生命工学専攻課題研究I，修士課程・博士前期課程

2010年度，応用生命工学専攻課題研究II，修士課程・博士前期課程

2010年度，食品化学，修士課程・博士前期課程

2009年度，基礎ゼミ，21世紀教育科目

2009年度，生物学の基礎II(A)，21世紀教育科目

2009年度，卒業研究，専門教育科目（学部）

2009年度，専門英語，専門教育科目（学部）

2009年度，応用生命工学演習，専門教育科目（学部）

2009年度，応用生命工学科実験　（食品工学実験），専門教育科目（学部）

2009年度，食品プロセス工学，専門教育科目（学部）

2009年度，食品分析学，専門教育科目（学部）

2009年度，応用生命工学専攻セミナー ，修士課程・博士前期課程

2009年度，応用生命工学専攻基礎研究I，修士課程・博士前期課程

2009年度，応用生命工学専攻基礎研究II，修士課程・博士前期課程

2009年度，食品化学，修士課程・博士前期課程

2008年度，最先端生命科学概論(A)，21世紀教育科目

2008年度，生物の科学・技術B，21世紀教育科目

2008年度，生物学の基礎IIB，21世紀教育科目

2008年度，卒業研究，専門教育科目（学部）

2008年度，応用生命工学演習，専門教育科目（学部）

2008年度，応用生命工学科実験　（食品工学実験），専門教育科目（学部）

2008年度，文献講読，専門教育科目（学部）

2008年度，食品プロセス工学，専門教育科目（学部）

2008年度，食品分析学，専門教育科目（学部）

2008年度，応用生命工学専攻セミナー，修士課程・博士前期課程

2008年度，食品化学，修士課程・博士前期課程